Các thành viên của một phân loài là khác biệt về mặt hình thái với các thành viên của các phân loài khác trong cùng một loài. Các phân loài được định nghĩa trong tương quan đến loài. Sẽ là khó hiểu khái niệm phân loài mà không nắm bắt được thế nào là loài. Trong ngữ cảnh của các sinh vật sống rộng lớn như cây, hoa, chim, cá và người v.v thì loài có thể định nghĩa như là nhóm có thể nhận biết được và khác biệt, phải thỏa mãn 2 điều kiện:

1. Các thành viên của nhóm là có thể phân biệt được một cách đáng tin cậy với các thành viên của các nhóm khác. Các khác biệt có thể được xem xét theo nhiều cách thức khác nhau, như khác biệt về hình dạng lá, số lượng lông vũ khác nhau trên cánh, hành vi giao phối cụ thể, kích thước tương đối của bộ xương, các khác biệt trong chuỗi ADN v.v. Không tồn tại một tập hợp tối thiểu và cụ thể các khác biệt. Tiêu chí duy nhất là các khác biệt cần phải là có thể nhận thấy được một cách đáng tin cậy. Tuy nhiên, trong thực tế, các khác biệt rất nhỏ có xu hướng bị bỏ qua.
2. Luồng vật chất di truyền (di trú gen) giữa nhóm và các nhóm khác là nhỏ và có thể được trông chờ là tồn tại như vậy do thậm chí nếu hai nhóm được đặt cạnh nhau thì chúng cũng không lai giống với một quy mô lớn nào.

Lưu ý điều kiện quan trọng trên đây: để được coi là các nhóm khác biệt thay vì chỉ là nhóm biến đổi đơn lẻ thì khác biệt phải là dễ dàng nhận ra chứ không phải đơn giản chỉ là vấn đề của mức độ biến đổi liên tục. Ví dụ, nếu quần thể đang xem xét là (các) loại ếch và khác biệt giữa hai nhóm là các cá thể sống ở đầu nguồn nước nói chung có màu trắng, trong khi các cá thể ở cuối nguồn nước có màu đen, thì chúng sẽ được coi và được phân loại là các nhóm khác biệt nếu như các cá thể ếch của quần thể ở khu vực trung gian có xu hướng hoặc là có màu trắng hoặc là có màu đen, nhưng chúng sẽ chỉ được coi là nhóm biến đổi đơn lẻ nếu như quần thể ếch ở đoạn trung gian sẽ dần dần sẫm màu lại khi quan sát xuôi theo dòng chảy.

Đây không phải là điều kiện ngẫu hứng. Thay đổi dần dần, gọi là dị biệt, là chứng cứ rõ ràng về di trú gen đáng kể giữa hai quần thể đang xem xét. Ngược lại, ranh giới rõ ràng giữa đen và trắng, hay khu vực lai ghép tương đối nhỏ và ổn định, chỉ ra rằng hai quần thể không lai ghép ở quy mô lớn nào đáng kể và có thể coi là các loài tách biệt. Tuy nhiên, việc phân loại chúng như là các loài hay các phân loài tách biệt phụ thuộc vào tại sao chúng lại không lai ghép với nhau.

Nếu như hai nhóm không lai ghép với nhau do một điều gì đó thực chất là thuộc về bản chất của cơ chế di truyền (chẳng hạn ếch đen không thấy ếch trắng là hấp dẫn về mặt tình dục, hay chúng giao phối ở các thời kỳ khác nhau trong năm) thì chúng là các loài khác nhau.

Ngược lại, nếu hai nhóm có thể lai giống một cách tự do khi các cản trở ngoại cảnh bị phá bỏ (chẳng hạn do thác nước quá cao nên ếch không thể nhảy qua, hay do các quần thể này là quá xa nhau) thì chúng chỉ là các phân loài. Các yếu tố khác bao gồm các khác biệt trong hành vi giao phối hay thời gian và các ảnh hưởng sinh thái như đất đai (màu đất, chất dinh dưỡng v.v).

Cũng lưu ý rằng khác biệt giữa loài và phân loài chỉ phụ thuộc vào sự có thể xảy ra là khi không có các cản trở ngoại cảnh thì hai quần thể có thể hợp nhất lại thành một quần thể duy nhất và thống nhất về mặt di truyền hay không. Nó không có gì liên quan với cái gọi là 'khác biệt như thế nào' mà hai nhóm này dường như là có trong các quan sát của con người.

Khi kiến thức về một nhóm cụ thể nào đó được tích lũy thêm, việc sắp xếp thể loại cho nó có thể cần phải đánh giá lại. Ví dụ, sẻ đồng đá (Anthus petrosus) trước đây được coi là phân loài của sẻ đồng nước (Anthus spinoletta), nhưng hiện nay được coi là các loài khác nhau.